Las distintas versiones sobre el origen de esta tradición indican que hace aproximadamente 197 años, la entonces Villa de Yajalón fue asolada por una variedad de la peste negra, causando gran cantidad de muertos e innumerables enfermos. La epidemia se propagó por todo el territorio de la naciente república mexicana, incluyendo a Chiapas, que apenas se había anexado en septiembre de ese año, 1824.
Alrededor de 1830, la comitiva que trasladó una figura de madera de cedro de San Juan Nepomuceno, procedente de La Nueva Guatemala de la Asunción o Ciudad de Guatemala, hizo estallar una bomba anunciando su llegada a la Villa de Chilón, cuyos habitantes habían mandado por la figura religiosa que tenía fama de sanar de la peste a cuantos se encomendaban a su protección.
Acompañados de músicos, los encargados de transportarlo en hombros llevaron la figura a la iglesia y de inmediato un sinnúmero de feligreses fueron a pedirle, mediante cantos y bailes, la pronta sanación. Añadieron a ese rito católico elementos de las culturas prehispánicas, como la rameada con hojas de sauco, albahaca, chanté y algún tipo de licor destilado de forma artesanal.
Los enfermos que no pudieron asistir fueron visitados por un grupo que trasladaba a la efigie del santo por las calles, en medio de gran revuelo, música y danza. Gracias al pronto alivio del mal en la Villa de Chilón, el 16 de mayo se declaró día de San Juan Nepomuceno, además de que fue nombrado santo patrono del lugar.
Esta cura milagrosa se supo en la cercana Villa de Yajalón, en donde había muchos enfermos a causa de la peste, por lo que decidieron venerar de igual manera a la Virgen del Santísimo Rosario, cuya fiesta del 7 de octubre estaba próxima, buscando que los liberara de la enfermedad, lo cual ocurrió y, en agradecimiento, los habitantes implantaron una celebración en la que se conmemoran los sucesos mediante el Paseo de Los Negritos: los enfermos son representados por payasos cuyas máscaras lucen rostros desfigurados, la enfermedad por quienes se caracterizan de diablos, y el fatal desenlace de algunos contagiados, por quienes se disfrazan de muertes. Los dos últimos llevan varas para pegarle a quienes logren alcanzar, como símbolo de lo contagioso de la peste.
Las festividades de La Virgen del Santísimo Rosario inician el 27 de septiembre, con los preparativos para adornar el altar de la virgen. A su vez, un grupo de señoras le ponen el atuendo que llevará hasta el 6 de octubre, cuando habrá de lucir nuevas ropas, para iniciar así el día mayor en los festejos: el 7 de octubre.
El 28 de septiembre comienza la novena y termina el 6 de octubre. Un día antes, durante la madrugada del 5, se realiza la Corrida de Gallos, paseo por las calles del pueblo, y a partir de las dos de la tarde de ese mismo día, se efectúa el Paseo de Los Negritos: un desfile de carros alegóricos con banda de músicos y la presencia de Los Negritos, que son una comparsa de personas con disfraces de diablos, muertes y payasos que bailan al son de la banda en cada dos o tres esquinas.
El 7 hay una misa y los integrantes de la Corporación del Santísimo Rosario se organizan para efectuar visitas a las casas de miembros de la Corporación del Santo Rosario, incluyendo a los difuntos. A las doce del día es el jubileo, en el que los feligreses se reúnen para la adoración del Sacramento e implorar a la Virgen del Santo Rosario.
Del 8 al 10 de octubre continúan las visitas. El último día se hace el corte de caja, en presencia de los nuevos integrantes de la Corporación del Santo Rosario, en donde nuevamente Los Negritos, disfrazados como en el paseo, bailan para concluir las festividades. En esa misma jornada peregrinan al templo, acompañando a la Virgen del Santo Rosario, que permanecerá en su altar hasta el año siguiente.